一開始，機器和人類斗爭，機器勝利后制造了矩陣，矩陣是個由代碼構建的虛擬世界，并把所有人類接入矩陣，欺騙他們讓其以為自己生活在現實中。實則每個人類都被溶液泡著關在一個容器內，身上連接著各種傳感器。但是總有人類能發現矩陣是虛擬世界而不是真實的，于是矩陣的核心程序即架構師將這部分覺醒的人安排到錫安，并定期從人群中覺醒一個救世主，讓救世主帶領錫安的人反抗。救世主面見架構師時，矩陣全部清除重來，從而實現矩陣的進化，以維護矩陣對人類的欺騙。而矩陣某次更新時產生的先知程序介入了架構師的計劃，她設計讓第六代救世主與女人相愛，于是尼奧在人類和崔妮蒂之間選擇了后者。他們回到現實后去與機器大帝（矩陣的主人）談判。因為史密斯類似病毒污染矩陣世界，大帝需要尼奧的幫助，于是達成交易，在尼奧犧牲以后，人類與機器終于和平。